Murowany budynek przy ulicy Krupniczej 26 został wzniesiony w latach 50. XIX wieku. Należał do rodziny Rogowskich, dziadków Stanisława Wyspiańskiego. W 1869 roku w tym budynku artysta przyszedł na świat. Później właścicielem budynku był Józef Szujski, historyk, publicysta, poeta i prozaik, który przeprowadził przebudowę domu według projektu Antoniego Łuszczkiewicza oraz rodzina Tarnowskich.
W 1932 roku budynek został kupiony przez Józefa Mehoffera (1869–1946) i jego żonę Janinę (1871–1956). Nowi mieszkańcy przeprowadzili ostatnią przebudowę domu, nazywając go “pałacykiem pod Szyszkami” od dekoracyjnych drewnianych szyszek pinii, dekorujących klatkę schodową. Elementami wystroju stały się też elementy snycerskie i kopie kamiennych zworników z katedry na Wawelu i dekoracyjne kasetony świetlików.
Inicjatywa utworzenia muzeum biograficznego artysty pochodziła od jego syna Zbigniewa i wnuka Ryszarda. Proces przekształcenia budynku na cele muzealne trwał dwie dekady, pomiędzy 1986 a 1996 rokiem. Ważnym etapem adaptacji było urządzenie ogrodu, wzorowanego na dokumentacji dwóch ogrodów Mehofferów: w Krakowie i w Jankówce koło Wieliczki. Ogród został udostępniony publiczności w 2004 roku.
Układ wnętrz muzeum stanowi rekonstrukcję wyglądu pomieszczeń z czasów użytkowania przez malarza i jego rodzinę. Wystrój domu Mehofferów łączy cechy tradycyjnego polskiego domu z świadomie i w sposób artystyczny zastosowanymi elementami historycznymi oraz z rysem estetyki lat 30. XX wieku. Na parterze zaaranżowano duży pokój stołowy i salon z wyjściem na taras od strony ogrodu, na piętrze zaś pomieszczenia bardziej kameralne: sypialnie i gabinety, wraz z pokojem „japońskim”, w którym pokazywana jest kolekcja grafik i orientalnych pamiątek, przywiezionych do Krakowa przez Jadwigę Mehofferową.
Ważnym krokiem w stronę zabezpieczenia kolekcji mehofferowskiej był zakup przez MNK w grudniu 2023 roku 17 kartonów Mehoffera do witraży w kościele św. Mikołaja we Fryburgu – kompletnego zespołu projektów, tworzonych przez artystę w latach 1895–1936 i będących jego dziełem życia. Wielkoformatowe dzieła autorstwa Mehoffera można oglądać w Galerii XX+XXI wieku w MNK Gmach Główny.